So wie ich es verstehe, meint ‘Synchronisation vor über einer Stunde’, dass du zum letzten mal vor einer Stunde eine Internetverbindung hattest, mit derer sich die SBB-App mit den Servern synchronisieren konnten. Wenn du keine Internetverbindung hast, kann dir die SBB-App trotzdem die Verbindungen anzeigen, welche sie auf dem Gerät gespeichert hat, und da gehören auch die Pendlerstrecken dazu. Die Störungen jedoch kann sie gar nicht gespeichert haben; daher muss sie sich immer wieder synchronisieren und wenn das nicht möglich ist, wird eben dieser Hinweis angezeigt.
Warum du nur auf der Hinfahrt keine Internetverbindung hast, das ist so schwer zu sagen. Eventuell liegt es daran, dass du auf der Hinfahrt EW-IV-Wagen und auf der Rückfahrt einen anderen Zugtyp im Fernverkehr hast, denn nicht in allen EW-IV-Wagen funktioniert SBB-Free-Surf (oder zumindest nicht zuverlässig). Ebenso funktioniert es soweit ich weiss nicht in den Traversos der SOB (IR26, IR46, teilweise IR13 und teilweise IR35) und generell ausschliesslich in Fernverkehrszügen (IR und IC)